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- 几何构造
- 物理约束
- 判据前置
- 边界标注
体系介绍
蛋白质折叠
四个真实系统：从结构数据到构型构造，每一步都可复跑。
几何运动控制
运动控制方向的构型构造与判定。
凝聚态物理
凝聚态方向的构型与不变量判定。
MOF金属
MOF 金属方向的几何可行性与构型判定。
核心概念
八个概念，构成这套体系的词汇表
构型空间
所有可能构型的集合；高维空间，每个维度对应一个几何自由度。
势阱
构型空间中的稳定区域，构型的“偏好状态”。
预组织
势阱的“形状”：井越深、越窄，构型越稳定。
分界线
两个势阱之间的边界，决定构型落在哪个盆地。
余量
构型离边界的距离——几何地形的最小读数。
代价
构型偏离势阱底部的代价。
正交分解
把构型空间分解成互不干扰的模式，让分析可分离、可计算。
组合语法
势阱之间的转移规则，可组合生成新的构型序列。
它区别于什么
同一个对象，两套问法
| 传统方法 | KE几何地形 |
|---|---|
| 算能量 | 算余量 |
| 做时间演化 | 做几何判定 |
| 用动力学 | 用几何约束 |
| 依赖力场 | 依赖几何结构 |
| 给数值 | 给三态 ＋ 动作码 |
它不替代分子动力学，而是绕开它的三个硬约束
时间尺度够不到
它不跑时间。
力场有偏差
它不用力场。
采样难收敛
它用给定结构。
看得见：换个代价函数，答案就换
案例二（Ras）实测：三条路径在「变紧总量」下完全打平；换成「沿路径累计新增接触」才分得出高低。
动手：AdK 的构型地形
拖动滑块，或直接点热力图上的格子：看两个域怎么转、余量 φ 与新增接触数怎么变。441 个格点全部由引擎算出，独立复跑脚本在同目录（逐点偏差 0.00e+00）。
CA 主链：灰 = CORE（不动）｜青 = LID｜黄 = NMP；淡点 = 闭合态（目标）
21×21 格点：颜色 = 余量 φ（越亮越紧）；白线 = 最优路径；白框 = 当前格子
0.00
0.00
- φ
- —
- 新增接触（唯一对）
- —
正在加载数据…
数据 data/adk/view.json（引擎导出，完整数据见 case.json）｜复跑 data/adk/repro.py（纯 numpy 独立实现，逐点偏差 0.00e+00）
应用方向
体系是主语，方向是宾语
生命分子
四个真实蛋白：腺苷酸激酶、Ras、HIV-1 蛋白酶、钙调蛋白。已跑通构造、反解与定量对照。
生命不拟合 · 生命在约束下构建
格点规范 · 凝聚态
在格点规范模型上，把「规范不变的闭合通量构型与缺陷」做成第三类构造对象。
待立项
欢迎带着「给定目标 ⇒ 构造构型」的具体问题来谈；我们按同一套口径评估可行性。
证据：四个真实系统
每个案例都有一句话结论、可下载数据、可复跑的脚本
腺苷酸激酶（AdK）
两个域各绕自己的铰链转 45–52°；二维最优与「先 LID」并列最小。
Ras
两个开关 9.9°／35.2°：路径量分不出顺序、态量说先 SW1。
HIV-1 蛋白酶
底物打破对称；从目标接触数反解出构型并给出坐标。
钙调蛋白
域级都不刚；准刚体要到子段级（0.39–1.75 Å）才出现。
可复核
我们给的不只是结论，是「能复跑」
下载数据
每个案例一份 case.json ＋ 用到的结构文件。
复跑脚本
纯 numpy 的独立实现，跑完与期望输出逐项对照。
口径登记表
哪些是「约定」、哪些是「测量事实」，一页列清。
引擎能力
算子清单与契约门；不公开源码。
实验室与公司
数学构建计算实验室
以代数、几何、拓扑与计算为基本理念，做构型构建的方法与工具。
郑州星亿美牙生物科技有限公司
联系邮箱： sunke@xingyimeiya.cn