“这个构型需要多少能量？它会怎么演化？”
这是动力学问题- 四个真实系统已跑通
- 每个数都能复跑
- 口径写清：约定 vs 测量事实
- 零改动跨系统复用
60 秒看懂
两条短片：一条讲体系是什么，一条用真实数据演示「换个口径，答案就换」。
视频里的数字与案例文档、网页同源；页脚带数据版本与引擎修订戳。
它是什么
KE几何地形，是一套用代数、几何与拓扑描述并构造构型的体系。
核心主张
用约束构造构型，不用能量驱动演化。
“给定约束，这个构型能落在哪里？它离边界多远？它属于哪个盆地？”
这是几何问题构建流程：一条六段链
| 段 | 内容 | 例子 |
|---|---|---|
| 代数结构 | 定义构型的代数表示 | 单元网络、边距矩阵 |
| 几何表示 | 把代数结构映射到几何空间 | 势阱、盆地、分界线 |
| 物理约束 | 注入物理合法性条件 | 余量、键长约束、避障 |
| 计算建模 | 在几何地形上做计算 | 正交分解、滑落、代价 |
| 功能验证 | 检查构型是否满足功能 | 三态判定、动作码 |
| 反馈修正 | 根据结果修正构型 | 偏差-修正对 |
这条链的核心是：代数定义结构，几何展开地形，约束划定边界，计算读出读数，验证给出判定，修正闭合循环。
核心概念
八个概念，构成这套体系的词汇表
构型空间
所有可能构型的集合；高维空间，每个维度对应一个几何自由度。
势阱
构型空间中的稳定区域，构型的“偏好状态”。
预组织
势阱的“形状”：井越深、越窄，构型越稳定。
分界线
两个势阱之间的边界，决定构型落在哪个盆地。
余量
构型离边界的距离——几何地形的最小读数。
代价
构型偏离势阱底部的代价。
正交分解
把构型空间分解成互不干扰的模式，让分析可分离、可计算。
组合语法
势阱之间的转移规则，可组合生成新的构型序列。
它区别于什么
同一个对象，两套问法
| 传统方法 | KE几何地形 |
|---|---|
| 算能量 | 算余量 |
| 做时间演化 | 做几何判定 |
| 用动力学 | 用几何约束 |
| 依赖力场 | 依赖几何结构 |
| 给数值 | 给三态 ＋ 动作码 |
它不替代分子动力学，而是绕开它的三个硬约束
时间尺度够不到
它不跑时间。
力场有偏差
它不用力场。
采样难收敛
它用给定结构。
看得见：换个代价函数，答案就换
案例二（Ras）实测：三条路径在「变紧总量」下完全打平；换成「沿路径累计新增接触」才分得出高低。
动手：AdK 的构型地形
拖动滑块，或直接点热力图上的格子：看两个域怎么转、余量 φ 与新增接触数怎么变。441 个格点全部由引擎算出，独立复跑脚本在同目录（逐点偏差 0.00e+00）。
CA 主链：灰 = CORE（不动）｜青 = LID｜黄 = NMP；淡点 = 闭合态（目标）
21×21 格点：颜色 = 余量 φ（越亮越紧）；白线 = 最优路径；白框 = 当前格子
0.00
0.00
- φ
- —
- 新增接触（唯一对）
- —
正在加载数据…
数据 data/adk/view.json（引擎导出，完整数据见 case.json）｜复跑 data/adk/repro.py（纯 numpy 独立实现，逐点偏差 0.00e+00）
应用方向
体系是主语，方向是宾语
生命分子
四个真实蛋白：腺苷酸激酶、Ras、HIV-1 蛋白酶、钙调蛋白。已跑通构造、反解与定量对照。
生命不拟合 · 生命在约束下构建
格点规范 · 凝聚态
在格点规范模型上，把「规范不变的闭合通量构型与缺陷」做成第三类构造对象。
待立项
欢迎带着「给定目标 ⇒ 构造构型」的具体问题来谈；我们按同一套口径评估可行性。
证据：四个真实系统
每个案例都有一句话结论、可下载数据、可复跑的脚本
腺苷酸激酶（AdK）
两个域各绕自己的铰链转 45–52°；二维最优与「先 LID」并列最小。
Ras
两个开关 9.9°／35.2°：路径量分不出顺序、态量说先 SW1。
HIV-1 蛋白酶
底物打破对称；从目标接触数反解出构型并给出坐标。
钙调蛋白
域级都不刚；准刚体要到子段级（0.39–1.75 Å）才出现。
可复核
我们给的不只是结论，是「能复跑」
下载数据
每个案例一份 case.json ＋ 用到的结构文件。
复跑脚本
纯 numpy 的独立实现，跑完与期望输出逐项对照。
口径登记表
哪些是「约定」、哪些是「测量事实」，一页列清。
引擎能力
算子清单与契约门；不公开源码。
实验室与公司
数学构建计算实验室
以代数、几何、拓扑与计算为基本理念，做构型构建的方法与工具。
郑州星亿美牙生物科技有限公司
联系邮箱： sunke@xingyimeiya.cn